Het geluk stond in Monaco niet bepaald aan de kant van de Belgische ploegen, met lastige poules tot gevolg. Naast Ajax krijgt bekerwinnaar Standard in groep G ook nog het Spaanse Celta de Vigo en het Griekse Panathinaikos voorgeschoteld. AA Gent krijgt in groep H niet alleen Shakhtar Donetsk, maar ook het Portugese Brage en het Turkse Konyaspor voorgeschoteld.
In poule F kwamen voor Racing Genk samen met Ahtletic Bilbao ook het Oostenrijkse Rapid Wenen en het Italiaanse Sassuolo uit de trommel. De enige 'Belgische' poule die enigszins een meevaller werd, is die voor reekshoofd Anderlecht. Het Duitse Mainz en Qabala uit Azerbeidzjan vervolledigen groep C, waarin dus ook Saint-Étienne werd ingedeeld.
De groepswedstrijden worden gespeeld tussen 15 september en 8 december. De top twee van elke groep stoot door naar de zestiende finales, die op 24 mei 2017 plaatsvindt in het Zweedse Solna.